Universitatea își desfășoară activitatea sub patronajul spiritual al Mitropolitului Andrei Șaguna, deoarece Andrei Șaguna, prin obârșia lui, prin întreaga activitate și viața și prin ceea ce reprezintă în prezent, este un simbol al unității românilor. Cel despre care s-a spus că a fost ‘trimis de providență’ (Gheorghe Barițiu) și a fost considerat ca ‘apostolul românilor ortodocși din Transilvania’, a inițiat și realizat un eficient program socio-cultural care viza starea materială și morală a națiunii române, plasând în centrul acestei ample și istorice acțiuni, Biserica.
În luna mai a anului 2006, după 10 ani de strădanii ale Universității Andrei Șaguna, a fost înălțată și a fost sfințită de un sobor de preoți în frunte cu IPS Arhiepiscop Teodosie al Tomisului, monumentala statuie din bronz, în greutate de 7 tone și înaltă de 4,5 m, închinată Marelui Andrei.
Cu prilejul Bicentenarului Andrei Șaguna, în 2008, Universitatea’ Andrei Șaguna’ a adresat Preafericitului Părinte Patriarh Daniel un memoriu argumentat, demers primit cu deosebită căldură și cu binecuvântări de către toți ierarhii Bisericii Ortodoxe Române.
În 2011 Sfântul Sinod a hotărât trecerea Mitropolitului Andrei Șaguna în rândul Sfinților Poporului Român, încununând cu succes demersul inițiat de Fundația și Universitatea Andrei Șaguna din Constanța, încă din anul 1993. Universitatea a organizat anual sub genericul “Zilele omagiale Andrei Șaguna”, “Andrei Șaguna — Marele Român”, “Andrei Șaguna — contemporanul nostru”.
Moaștele Sfântului Mare Ierarh Andrei Șaguna au fost aduse din Mausoleul de la Rășinari, în Catedrala de la Sibiu, unde a avut loc canonizarea. În semn de recunoaștere a meritelor pe care Fundația și Universitatea “Andrei Șaguna” le-au avut în inițierea sanctificării și determinarea factorilor de decizie că Mitropolitul Andrei Șaguna să fie trecut în rândul Sfinților Poporului Român, instituția a primit în dar de la Î.P.S. Laurențiu Streza, Mitropolitul Ardealului, cu binecuvântarea Preafericitului Părinte Patriarh Daniel, Sfinte Moaște ale Patronului Spiritual.
Manifestări comemorative, în cadrul cărora au avut loc simpozioane omagiale, lansări de carte, pelerinaje și a fost inaugurat Cenaclul “Andrei Șaguna”. Universitatea a realizat medalii comemorative cu efigia Mitropolitului Șaguna, care, cu prilejul unor festivități, au fost decernate, unor personalități ale vieții cultural-științifice românești și internaționale.
De atunci, în fiecare an, întemeind o nouă tradiție spirituală pentru șaguniști și pentru constănțeni, Sfintele Odoare sunt expuse spre închinare pe un altar, pentru a sărbători cum se cuvine Ziua Universității care este Ziua prăznuirii Sfântului Mare Ierarh Andrei Șaguna, precum și Ziua Sfântului Apostol Andrei, al cărui nume l-a purtat Mitropolitul Șaguna după intrarea în cinul monahal.
Credincioșii constănțeni se pot închina la altarul din holul Universității, acolo unde, primii care s-au închinat la moaștele ocrotitorului Universității lor au fost studenții și profesorii, aceștia primind binecuvântarea Arhiepiscopului Tomisului.
Alături de Sfintele Moaște dăruite Universității, în custodia acesteia se află și alte Sfinte Odoare care urmează să revină celor două biserici ce vor avea hramul Sfântului Andrei Șaguna, una la Tulcea și alta la Constanța.